确定药物的名称和别名；集解是叙述药物的产地和形态；正误是纠正前人对药物的错误认识；修治是介绍药物的炮制方法和注意事项；气味是分析药物的性质和归经；主治是说明药物的功效和适用范围；发明是记录作者对药物的亲身体验或新发现；附方是收集使用该药物的方剂和验方。每一项都有详细的注释和引证，既有理论依据，又有实践证据。
《本草纲目》还附有1109幅精美的插图，对于一些形态复杂或难以描述的药物，如动物、植物的各个部位，都用图示来辅助说明，使读者更容易理解和辨识。这些插图大多由李时珍的儿子李建元和李建木所绘，虽然不是专业画家，但也尽力做到形神兼备，真实可信。